آزمایشگاه‌های برتر سال با در نظر گرفتن عملکرد سالانه از میان آزمایشگاه‌های عضو شبکه آزمایشگاهی فناوری نانوی کشور که بیشترین خدمات را در سال 1391 ارائه کرده و بیشترین امتیاز را بر اساس شاخص‌های ارزیابی کسب کرده‌اند، انتخاب و معرفی شدند. شاخص‌های کلی ارزیابی عبارت از مشتری‌مداری، همکاری شبکه‌ای و میزان ارائه خدمات بودند. در این دوره از جشنواره، سه آزمایشگاه برتر مورد تقدیر قرار گرفتند. لیست زیر بیانگر برترین آزمایشگاه‌های فعال در حوزه فناوری نانو در سطح کشور می‌باشد.